Pod krinkom borbe za srpsku nacionalnu stvar, Nikola Kovačević je od aprila do augusta 1992. godine počinio zločine protiv čovječnosti nad Bošnjacima i Hrvatima u Bosanskoj krajini.
Sud BiH ga je 3. novembra 2006. godine osudio na kaznu zatvora od 12 godina zbog učešća u odvođenju civila u koncentracioni logor Manjača, te njihovom mučenju i ubijanju u Sanskom Mostu. Kovačević je bio odgovoran za nestanak 16 Bošnjaka u logoru Manjača, kao i za smrt 18 civila Bošnjaka koji su se ugušili u kamionu tokom transporta iz logora Betonirka u Manjaču.
Nakon što je odležao svoju kaznu, Kovačević se iskreno kaje za svoja djela. “Halal je previše da tražim, ali se ja iskreno kajem”, izjavio je on za novi dokumentarni film Avde Huseinovića i za portal Senzor.ba. “Licemjerno bi bilo da od žrtava i porodica tražim halala. Volio bih ako mogu da me razumiju”, dodao je on.